菌种保存是维持生物多样性的重要手段，也是获得高品质菌种的必备流程。细菌、真菌、放线菌和病毒等在传播过程中会发生变异，有的会产生新功能，有的则会丢失原有功能，甚至失去活力。菌种保存的核心目标是维持菌株遗传变异的稳定性，同时确保其众多应用领域的长久需求。 常用的保存方式有-80℃低温、干燥、冻干、液氮、甘油口服和常温耐冷储藏等方法。其中低温保存是最常用和可靠的方式之一。干燥是将菌丝培养物或无菌芽孢液均匀涂布在无菌滤纸或细砂上，放在干燥器中干燥制成的。冻干是在一个特定的条件下，使菌种在真空下或低温下逐渐失去水分，并加入保护剂来保护菌种的稳定性。常用的保护剂是蔗糖和甘露醇等。液氮冷冻保存是最持久的冷冻方式之一，在-196℃下保存。甘油口服保藏法是在冷门菌株中常被采用的一种方式，通过加入甘油或有机溶剂使菌体进入休眠状态，然后将其在常温下保存。
选择合适的保存方式将影响到菌种的保存效果，进而影响到后续实验的结果。当我们需要从保存中提取菌种时，保存效果会直接影响到该菌是否具有较高的生产能力或检测灵敏度。 此外，菌种保存方法直接关系到生物技术、生物医药和食品工业等重要领域。在我们能够实现无菌操作和大规模菌种工业化之前，菌种保存技术可以说是打开这些领域大门的关键工具之一。
